Está organizado en un equipo permanente (COREPER), presidencia y Secretaria General.
COREPER: cada Estado miembro tiene un equipo permanente en Bruselas, el jefe de cada representación suele ser el embajador del país en la Unión. Se reúnen cada semana para preparar las cuestiones del Consejo, a excepción de los agrícolas.
Presidencia del Consejo. Rotatoria y cada seis meses un Estado miembro se hace cargo. Está asistida por una Secretaria General. El Alto Representante para la Política Exterior y de Seguridad Común (PESC) es el Secretario General.
El Tratado de Lisboa refiere que el consejo puede adoptar sus decisiones por unanimidad, mayoría simple o mayoría cualificada (es lo mas general).
Unanimidad: solo para algunas decisiones. Mayoría simple: más votos a favor que en contra. A cada miembro le corresponde un Voto. Mayoría cualificada: cuando una decisión requiere más votos, en el 2014 la votación será por doble mayoría (el 55% de los Estados miembros Representarán al menos al 65%de la población), y cuando exista un número reducido de Estados miembros, cercano a la minoría de bloqueo, que se oponga a una decisión, lo podrá manifestar y el Consejo deberá hacer todo lo posible para alcanzar una solución satisfactoria en un plazo razonable.
